许多猪场发生腹泻之后，往往难以区分是病毒性腹泻，还是细菌性腹泻，然而无法正确落实用药的治疗方案，造成损失惨重。
一、从发病流行季节上找差异
病毒性腹泻多发生在冬春季节，而细菌性拉稀一年四季均可发生。
二、临床表现上找差异
病毒性腹泻如猪传染性胃肠炎：幼仔猪常忽然发病，呈水样急剧腹泻、恶臭、呕吐，很快脱水，体重及体温下降，死亡率高达80%以上，断奶仔猪呈水样腹泻及呕吐，粪便呈灰色或茶褐色。猪流行性腹泻：病猪体温升高至41℃，但开始腹泻后体温恢复正常。10日龄内仔猪发病严重，拉黄色或浅绿色稀粪。
猪轮状病毒病：病猪呕吐腹泻，粪呈水样至糊状，呈黄、灰或玄色。
细菌性腹泻拉稀中，无论是拉血便的猪痢疾【7-12周龄的仔猪和幼猪易感】和仔猪红痢【主要侵害1-3日龄仔猪、7天后仔猪很少发生】，还是大肠杆菌引的仔猪黄痢【10-20日龄仔猪】和白痢【1-3日龄仔猪】，以及拉黄色稀糊状有恶臭味的仔猪副伤寒【多发生于6月龄一下仔猪、2～4月龄仔猪多，寒冷或者季节交替时高发】，大多可从拉稀粪便的颜色、气味上相区别。